城市軌道交通建設投資數額越來越巨大，加強對其的審計監督意義重大。北京市審計局2016年第8號公告（關于本市軌道交通建設資金管理使用情況的審計結果）:截至2015年一季度，北京市軌道交通運營線路總里程528.2公里、在建線路總里程143.2公里、規劃建設線路總長328.7公里。2011年至2015年3月，市區財政和京投公司共籌集軌道交通建設資金1401.52億元。其中市級財政性資金361.91億元，區級資金100.66億元，京投公司自籌資金938.95億元。

根據《中華人民共和國審計法》、《北京市審計條例》的規定，2015年4月至7月，北京市審計局對本市軌道交通建設資金管理使用情況進行了專項審計。審計主要涉及北京市基礎設施投資有限公司（以下簡稱“京投公司”），延伸調查了9個與軌道交通規劃、建設、管理和運營事務相關的部門單位。

審計調查結果表明，在“十二五”期間，本市軌道交通建設得到了極大的發展，軌道交通建設為緩解交通擁堵、方便市民出行做出了重要貢獻。截至2014年底，軌道交通運營里程達到528.2公里，比2010年底的336公里增加了57.2%；2014年運送客流33.9億人次，比2010年的18.5億人次增加了83.2%；市民各種交通方式出行構成中，軌道交通出行的比例達到22.4%，比2010年的12.6%提高了近10個百分點。軌道交通的發展大大緩解了地面交通的壓力，體現了對城市交通體系的支撐，方便了市民出行，推動了軌道交通沿線的社會經濟發展，促進了城郊之間人口和資源的流動，為節能減排、建設“綠色北京”起到了有力的推動作用。

一是部分軌道交通線路拆遷結余資金未及時退回。2011年以來，地鐵4號線、5號線、10號線一期、10號線二期、15號線一期東段、大興線、亦莊線、昌平線一期、房山線等9條線路拆遷結余資金14.26億元，在相關區財政局、建設主管部門滯留，尚未退回京投公司，增加了軌道交通建設資金利息負擔。

二是4號線、8號線（奧運支線）和10號線一期3條線路已建成通車，但3條線路有4個股東資本金尚未實繳到位，涉及資金6.86億元。

三是部分已通車的線路存在未實施的尾工?！笆濉逼陂g投入運營的6號線、7號線、8號線（含昌八聯絡線）、10號線二期、14號線、15號線共6條線路，均有尾工尚未實施，共計321項，其中249項尾工對運營效率有所影響。

四是部分線路調整建設內容，個別已投入運營線路車站出入口建成后拆除，導致投資增加。 

北京市審計局針對征地拆遷結余資金滯留問題，建議各主管部門、項目業主單位、建設管理單位積極采取有效措施，研究制定專門方案，盡快敦促各區將征地拆遷剩余資金退回；針對部分線路的外部股東資本金不到位的問題，建議市重大辦協助京投公司協調相關外部股東，使項目資本金盡快足額到位；建議軌道公司和快軌公司與運營單位積極溝通協調，盡快安排實施相關尾工，消除或減小對運營效率的影響；針對建設內容調整導致投資增加的問題，建議軌道交通規劃、設計單位和京投公司在規劃階段更加充分地進行方案論證。

針對審計發現的問題，相關部門積極組織了整改。滯留的拆遷結余資金已退回京投公司8.96億元，未實繳到位的股東資本金已繳到位6.58億元，未實施的尾工已完成206項。針對未來幾年軌道交通建設財政投入缺口較大的情況，市政府召開了專題會議，研究并通過本市城市軌道交通投融資機制創新方案，對京投公司采取授權—建設—經營的模式，進一步明確政企職責，京投公司在市政府的授權下履行本市軌道交通業主職責，提供城市軌道交通項目的投資、建設、運營等整體服務，根據市場情況利用多種融資工具統籌兼顧融資成本和運營效率，引入其他社會資本。